受各种因素限制，代理商同时也大多存在下列劣势：
1）理念：代理商大都是从业务员成长起来的。我们知道，业务能力和经营能力是二种全然不同的能力。站在业务员的角度，他们关注的是（短期）业绩，而企业家则需关注企业的持续发展甚至永续经营。着眼点不同，经营的理念、思路自然也大不同。
2）视野：代理商地处一隅，大量的时间和精力都聚焦于自己经营范围所及之地，对本区域以外的市场了解不是太多，视野难免不够开阔，竞争方法和手段也较为单一。
3）网络：虽然拥有一定的客户网络，但基础不够稳固，“有奶便是娘”类型的客户不在少数。
4）行业经验：代理商普遍缺乏对行业外先进管理经验的认识。经营管理上大都是徒弟模仿师傅，照葫芦画瓢，岂不知师傅本身也有可能是井底之蛙，难有创新之展。
5）团队：这是代理商经营中最短的那块短板。代理商注重的是短期业绩，强调个人英雄，不善于运用企业文化来增强团队的凝聚力和向心力。其结果便是发现自己团队的流动性实在太高。由此带来的后果显而易见：客户流失、业绩下滑、人心不稳，人力成本居高不下，不得不整天为招聘、救火忙得焦头烂额。
6）培训：优秀企业的一个共同特点就是他们都有完善的培训体系，以保证员工能力能与岗位所需匹配。从另一个角度讲，员工也希望在企业获得收入以外的更大提升。由于大部分的代理商企业规模还偏小，不可能像大企业一样设置专门的培训部门和配备专业的培训老师，大部分的培训还停留在师傅带徒弟的阶段，与现代企业还有较大差距。
7）财务：许多代理商企业还没有建立起正规的财务体系，对企业的盈利能力和财务风险无从了解和控制。
