2004年至2011年，原铁道部动用铁路建设基金和预算内财政拨款，向所属中国铁道科学研究院(已于2002年改制为企业，且只享受2年“基本建设项目由中央给予补助支持”政策)安排基本建设项目45个，涉及金额73833万元。
【整改】
对审计发现的问题，中国铁路总公司已责成相关单位予以整改。
2 科技部
13万课题经费充进职工餐卡
【问题】
截至2012年底，部本级有项目资金结余30 693.58万元自2005年以来在往来科目挂账，未纳入财政拨款结余资金管理。
2012年，部本级未经财政部批准，将承担的专项预算共计20708万元下达给相关所属单位。
2012年11月、12月，部本级采取以拨作支方式将“科技改革与发展专项经费”等2635.35万元拨付至所属单位等，至2012年底，实际仅支出25.21万元，造成决算多计支出2610.14万元。
2012年，部本级向财政部申报并获批复的21个项目没有项目申报文本，也未包含在科技部项目库中，涉及预算金额4204万元。
2012年12月，部本级在年初未编制相关预算的情况下，用以前年度结余资金安排支出2321万元。
2009年至2012年10月，所属知识产权中心在课题经费中列支职工食堂餐卡充值费13.48万元、报销与课题无关的职工个人交通费用30.15万元。
审计抽查科技部7家所属单位的214台计算机中，有72台使用非正版操作系统；131台使用非正版办公软件。
【整改】
对审计发现的问题，科技部高度重视，已督促部本级和所属有关单位研究制定整改措施，各项问题正在整改中。
3 人社部
超千台电脑用盗版软件
【问题】
2012年，部本级自行调整10个项目的部分支出内容，涉及预算支出1314.99万元，2012年，部本级4个项目中部分预算申报内容重复，涉及资金232万元。
截至2012年底，部本级及所属单位共计使用财政资金913.5万元(其中2012年412万元)建设的5个信息系统项目，均不同程度存在部分功能无法使用、建设目标未完全实现、交付后尚未使用等问题。
部本级1271台在用的工作计算机中，1134台使用了非正版办公软件，900台未安装正版杀毒软件。
2012年，部本级计划外召开三类会议250个，20个因公出国(境)团组未纳入年初计划，47个因公出国(境)团组存在超过规定人数天数问题。
【整改】
对审计发现的问题，人力资源和社会保障部采取有效措施进行整改。对部本级使用非正版软件等问题，表示6月底前完成部机关正版软件的安装。
4 审计署
360万元项目支出未编报采购预算
【问题】
2012年，审计署本级“计算机及网络运行维护费”和“审计署派出审计局设备更新购置经费”项目支出360.96万元未编报年度政府采购预算。
2012年，审计署本级“办公楼安防系统改造”项目编制政府采购预算21.6万元，当年未能执行。
2012年，审计署本级在软件开发尚未完成、有关产品未正式交付使用的情况下，向软件开发公司全额支付了合同款131.27万元，其中提前支付64.31万元。至2013年3月，该软件才开发完成，现已投入使用。
截至2012年底，由于没有正常的经费来源渠道，审计署所属其他16个特派办按照相关政策规定缴纳的职工基本医疗、生育等社会保险费和实际发生的医疗费支出累计缺口4683.04万元，长期用其他资金垫支挂账。
【整改】
审计署本级及京津冀办、沈阳办、外资中心等3个所属单位在检查前进行了自查，并纠正了部分自查出的问题。
